Ranger Zotero, un chantier idéal pour chercheur confiné ! (1)

Chez moi, le confinement est propice à des tâches répétitives, qui n’exigent pas maintes ressources intellectuelles pour construire une pensée. J’en profite donc pour ranger mes photos d’archives dans Tropy, explorer Geneanet à la recherche de mes éditeurs d’estampes, ranger ma bibliothèque physique, trier mes disques durs, et … nettoyer Zotero. C’est une tâche assez rébarbative que je repoussais depuis des mois, bien que mon Zotero soit devenu inutilisable tant il était en friche. Poussée par la dynamique collective (merci Akhésa, Marc, Claire !) j’ai décidé de prendre le taureau par les cornes et de me lancer dans un grand ménage de coronaprintemps. J’ai tweeté au fur et à mesure ma méthode et mes questionnements. Devant le succès de ce thread, je reprends et structure son contenu sous forme de billet(s) de blog. 

Agence Rol, Saint-Malo, 25/2/27, nettoyage du pont d’un terre-neuvas, 1927, Gallica/BnF

J’utilise Zotero depuis 9 ans. Ma bibliothèque rassemble environ 2000 références sur des sujets assez divers (histoire de l’estampe, histoire de Paris, méthodologie de la recherche en SHS, bibliothéconomie, archivistique). Elle s’est développée de façon organique, avec la création de sous-collections en fonction de l’évolution de mes centres d’intérêt au cours de cette décennie. Le dossier « Thèse » créé il y a deux ans regroupe 500 références. C’est sur celui-ci que je vais me concentrer pour ce nettoyage, les 1500 autres références attendront une autre occasion. 

La collection « Thèse » dans mon Zotero avant le grand rangement : 531 références

1. Faire l’état des lieux de ce qui ne va pas

J’ai commencé par un moment de réflexion sur mes pratiques : comment j’utilise Zotero au quotidien ? Qu’est-ce qui, dans ma pratique (ou ma non-pratique) nuit à l’efficacité de mon Zotero ? Qu’est-ce qui, dans ma bibliothèque actuelle, parasite son usage ? 

Ce qui a donné la liste suivante : 

  • Il y a beaucoup de données inutiles qui surchargent mon Zotero et parasitent ma lecture quand je l’utilise : 
    • les tags ajoutés automatiquement lors de l’import de notices depuis des catalogues de bibliothèque. Il n’y a aucune cohérence, les langues varient, bref, ce n’est que du « bruit » 
    • les fichiers joints ajoutés automatiquement lors de l’import de ces mêmes notices : enregistrement de la page web du catalogue de bibliothèque consulté, fichier contenant le lien vers ledit catalogue
  • La plupart de mes notices n’ont pas été nettoyées au fur et à mesure, si bien que j’ai tout un tas de coquilles et d’incohérences dans les dates, nom d’auteurs (les musées sont souvent indiqués comme « auteur » d’un catalogue d’exposition), lieux de publication, etc, etc. À chaque fois que je génère une bibliographie, je dois préalablement « nettoyer les notices » (avant ou après export) ce qui ampute Zotero de l’un de ses principaux intérêts
  • Je n’ai pas toujours été très rigoureuse dans mes dépouillements bibliographiques et je n’ai pas systématiquement ajouté les titres à mon Zotero
  • Ma « routine Zotero » s’est affinée au fil des mois et je suis arrivée à un modèle théorique d’utilisation de Zotero qui me convient (voir billet dédié). Le souci ? J’ai 400 références en arriéré à mettre à jour
  • Le classement de ma collection « thèse » développé empiriquement au fil des mois ne me convient plus du tout. C’est à peine si on peut encore qualifier ça de rangement. 
Agence Rol, La poste anglaise pour les troupes en campagne, 1918, Gallica/BnF

De cette liste des choses qui ne « vont pas », j’ai déduit une liste des choses à améliorer / nettoyer. La première étant : mettre par écrit ma « routine Zotero » et m’y tenir à l’avenir. Ensuite, j’ai classé les différentes tâches à faire en deux colonnes : celles qui se font mécaniquement, sans réfléchir (donc potentiellement en écoutant la radio ou en regardant une série) et celles qui sont aussi mécaniques, mais que l’on doit faire fiche par fiche, sans survol possible et enfin celles qui nécessitent une vraie réflexion en amont ou un investissement fort de concentration. 

Tâches mécaniques pouvant être réalisées en sérieTâches mécaniques devant être réalisées référence par référenceTâches nécessitant de la réflexion
– uniformiser la présentation des lieux d’édition, éditeurs, date, langue
– corriger les coquilles typographiques dans les titres
– vérifier que les « parties d’une publication » (article, chapitre) ont bien une « publication » renseignée (titre du livre, de la revue)
– éliminer les pièces jointes inutiles (captures de catalogue, notes importées)
– supprimer les « extra » et le champ « cote » des ouvrages quand ils sont importésre
– lier les notices entre elles via « connexe » (chapitre d’ouvrage / ouvrage ; acte de colloque / colloque)
– supprimer les musées des « auteurs » du livre
-reporter les infos sur les expositions dans le champ « édition »
– vérifier les auteurs de l’ouvrage et distinguer « auteur », « collaborateur » et « directeur »
– contrôler la précision et la véracité des éléments indiqués dans les métadonnées
– chercher les PDF des articles & travaux disponibles en Open Access et les ajouter en « pièce jointe » 
– chercher les tables des matières des ouvrages et les ajouter « en pièce jointe » 
– Repenser toute l’arborescence de classement et de tag
– Contrôler et compléter mes fiches « notes statuts » 
-Compléter mon Zotero en vérifiant que j’ai bien ajouté tous les ouvrages que j’ai lus / fichés
– Dépouiller toute la biblio des auteurs les plus importants
– Compléter les « trous » sur certaines thématiques (trop peu de références, travail biblio non fait)
– Trancher les points particuliers : Comment indiquer les références d’un catalogue d’exposition ? Comment renseigner un ouvrage ayant plusieurs lieux d’édition/éditeur ? une pagination multiple ? 

2. Reconfigurer Zotero pour éviter de se trouver à nouveau « envahie » de choses inutiles. 

La première chose que j’ai faite a été de revoir mes préférences Zotero et de reconfigurer le logiciel pour éviter de me trouver à nouveau envahie par les tags et pièces jointes inutiles. 

Les tags importés automatiquement : bruyants et inutiles, puisés dans des référentiels différents. En l’état, ils sont inexploitables. Poubelle !

Dans les préférences du logiciel, j’ai donc décoché « ajouter automatiquement les marqueurs à partir des mots-clés fournis ». Entre d’autres termes : adieux les tags importés de catalogues de bibliothèque. 

Supprimer l’ajout automatique des tags

J’ai fait de même pour les « captures automatiques de la page lors de la création de documents à partir de pages web ». Seul regret ici : je trouve ça pratique dans un cas, et un cas uniquement : les billets de blog, qui parfois disparaissent d’internet et pour lesquels c’est toujours intéressant d’avoir une copie. 

Désactiver la capture des sites web dans les Préférences du logiciel

C’est dommage que l’on ne puisse pas définir des exceptions pour certains types de documents (billets de blog ici) ou bien que l’extension Zotero pour navigateur ne le propose pas dans ses options. Je pense donc que je le réactiverai ponctuellement, au moment de ma veille sur les carnets de recherche. 

Une fois ces deux opérations réalisées, j’ai été confrontée au problème suivant : comment se débarrasser de tous les tags et captures de pages ajoutés automatiquement depuis des années

Pour les tags, c’est assez facile, il y a un bouton pour le faire (merci Akhésa de me l’avoir montré !) : en cliquant sur les petits carrés colorés à côté du champ de recherche parmi les marqueurs on peut supprimer tous ceux importés. Attention : il s’agit d’une opération irréversible, qui s’applique à l’ensemble des tags importés (il n’est pas possible de faire de sélection ! 

Supprimer d’un coup tous les marqueurs importés

En revanche, pour la suppression des captures de catalogue et autres pièces-jointes ajoutées automatiquement, il n’existe aucune fonctionnalité qui permette de le faire d’un coup. J’expliquerai plus bas comment j’ai procédé. 

Je profite d’être dans les préférences du logiciel pour signaler deux points de configuration qui peuvent être utiles à tous : 

  • Désactiver le correcteur d’orthographe, par défaut anglophone, pour se débarrasser des signalements d’erreur dans vos notes. Plusieurs solutions sont indiquées sur cette page du forum (dernier message). Je ne me souviens plus de celle que j’ai mise en oeuvre il y a quelques années… 
  • Désactiver la mise à jour automatique des styles, car Alex M. m’a signalé tout récemment avoir eu une mauvaise surprise avec un style Zotero qu’il utilisait et qui avait brusquement changé certaines de ses normes typographiques.

Ces opérations réalisées, place au « gros nettoyage ». 

Agence Rol, 16/1/22, la neige à Paris [rue de la fidélité, Paris, 10e arrondissement], 1922, Gallica/BnF

3. Nettoyer « mécaniquement » et en série 

J’ai mis un peu de temps à trouver par quel bout j’allais prendre le nettoyage. Par où commencer ? Par quel dossier ? Il est finalement apparu que plutôt que de prendre une à une chaque référence, je gagnerai beaucoup à nettoyer en série un champ donné (par exemple, les langues ou les lieux)

Pour ce faire : j’ai d’abord coché « Afficher les documents des sous-collections » dans le menu « affichage ». Ainsi, je peux travailler sur mes 500 références depuis le dossier racine « Thèse » sans avoir à ouvrir mes multiples sous-dossiers. 

Afficher tous les documents des collections enfant dans la collection parent (dossier et ses sous dossiers)

Corriger les coquilles et incohérences sur un champ donné

Ensuite, j’ai ajouté à mon affichage principal tous les champs que je souhaitais corriger. J’ai pris une à une chaque colonne, et avec le critère de tri, j’ai repéré tout ce que je souhaitais corriger. 

Ajouter des colonnes à l’affichage principal

Prenons un exemple simple : les langues. Personnellement, j’utilise beaucoup ce champ quand je fais l’historiographie sur un point précis (notamment pour comparer les dynamiques nationales de recherche)… mais pour cela il faut que les langues soient indiquées de façon uniforme et pas « fr », « fre », « français », « french » ou « anglais », « en », « eng », etc. 

Je classe donc par ordre alphabétique la colonne langue et pour repérer les références non uniformisées et toiletter ce qui dépasse. 

Exemples d’incohérences dans l’import des notices : selon le catalogue utilisé, un ouvrage sera en français, en fr ou encore en fre…

C’est typiquement une tâche qui pourrait être automatisée (avec des règles de rechercher/remplacer) mais une telle fonctionnalité n’est pas proposée dans Zotero. Il serait possible d’intervenir directement sur la base de données en ligne de commande, ou encore de travailler par import/export de CSV, mais j’ai préféré ne pas m’aventurer dans ces opérations que je jugeais inutilement dangereuses pour l’intégrité de ma base de références. 

Avec l’affichage par colonne, on repère très vite les informations manquantes ou à corriger…

En suivant la même méthodologie, j’ai uniformisé toutes les dates (pour supprimer les [copie 2006] et autre [DL 2016]), les lieux d’éditions, en supprimant toutes les mentions de pays (plus de « Paris, France » ou « Paris (France) » ), ainsi que certains noms de maisons d’édition, quand ça ne demandait aucune vérification. 

Non, Milan n’est pas en Suisse…

J’ai vidé les champs « cotes » et « extra » reportant parfois en notes les informations que je souhaitais conserver. 

Enfin, j’ai utilisé les colonnes « type de document » et « publication »  pour vérifier que tous les livres auxquels les « chapitres de livres » appartiennent sont bien renseignés et que tous les articles sont bien associés à une « revue ». 

Vérifier en un coup d’oeil que tous les articles sont bien rattachés à une revue

Relier les notices entre elles

Dans Zotero, j’aime bien utiliser l’onglet « connexe » pour relier entre eux plusieurs items, par exemple la fiche d’un chapitre à celle du livre auquel il appartient, les différents articles d’un même numéro thématique de revue, une recension d’ouvrage à la fiche de l’ouvrage lui-même. Cela facilite la navigation entre les différentes parties (notamment quand les chapitres d’un ouvrage sont ventilés dans plusieurs collections), et évite souvent de créer des doublons. 

Un exemple : ici, les différentes parties d’un ouvrage sont reliées à la fiche du livre. Avec une incohérence cependant : j’ai parfois utilisé le modèle « article de colloque » et d’autre fois « chapitre de livre »

J’ai voulu vérifier rapidement si tous les liens « connexe avaient bien été créés. Pour cela j’ai affiché utilisé, dans le volet central les colonnes « types de document » et « publication ». Deux types de documents devaient être vérifiés : les articles de colloques et les chapitres de livre. J’ai fait défier les différentes entrées, en ayant bien sélectionné l’onglet « connexe » au préalable. Quand le lien entre les notices manque, je le crée immédiatement. L’affichage de la colonne publication permet de trouver en quelques clics l’ouvrage recherché. 

En cliquant sur « Ajouter » un moteur de recherche s’ouvre. On peut sélectionner plusieurs items à lier pour aller plus vite. Le lien est réciproque.

Le problème des fichiers joints

Les colonnes souhaitées nettoyées, je me suis occupée du problème des fichiers joints, les fameuses captures de page web automatiquement importées avec les notices bibliographiques. Au début je les chassais manuellement, à l’aide de la colonne pièce jointe (qui contient un point bleu quand il en existe une). 

Exemple de notice importée d’un catalogue de bibliothèque. Au moment de l’import, ont été téléchargé la capture d’écran du catalogue et de lien vers le catalogue et vers Worldcat.

Sur Twitter @Museologique m’a donné l’astuce pour gagner du temps : utiliser une recherche avancée sur toutes les « pièces jointes » pour les afficher d’un coup. 

Recherche sur les pièces jointes.

On peut alors les supprimer automatiquement, mais j’ai jugé plus prudent de faire ces suppressions manuellement (dans le cas des billets de blogs, en effet, je veux garder la capture du site). 

Sélection manuelle d’une série de pièces-jointes à supprimées

J’ai utilisé l’astuce de la recherche avancée pour isoler les titres concernés par certaines erreurs typographiques fréquentes (usage de [crochets], barres obliques \/, siècle indiqués en minuscules) ou encore repérer tous les ouvrages où des musées figuraient comme auteur. 

Recherche avancée sur le caractère [ dans mes titres. Dommage qu’on ne puisse pas ici activer les expressions régulières !

Fusion des doublons

Il arrive parfois que l’on ait enregistré à plusieurs reprises un même document, créant ainsi des doublons. Or, les doublons sont problématiques dans Zotero, car vous en modifiez un sans savoir qu’il existe une autre fiche, quasi identique pour le même ouvrage. Un même document peut-être placé dans plusieurs dossiers (ou collection), mais il s’agit en fait de deux appels d’une même fiche, présente une seule fois dans la bibliothèque. 

La fonctionnalité Doublons dans Zotero permet de repérer les items enregistrés deux fois

L’outil doublons permet de facilement repérer les documents en double (ou en triple) et de les fusionner, en désignant une version « maître ». 

Je n’ai pas eu à utiliser cet outil pour mon rangement, car je fais régulièrement ce petit nettoyage et l’entrée « Doublons » était vide. Attention, à l’usage, Zotero se trompe parfois, par exemple lorsqu’il s’agit d’un article paru en plusieurs parties ou de deux tomes d’une même publication. 

Me voici arrivée au bout de la première étape de mon nettoyage Zotero : le dégrossissage. Cela a nécessité environ 3 / 4 heures pour 500 références, temps de tâtonnements et de lecture de la documentation comprise. Une fois les opérations lancées, j’ai pu faire ces différentes tâches en regardant d’un autre oeil une série. Ce n’était donc pas la mer à boire. Mais le plus gros m’attend maintenant : le nettoyage fin et la réorganisation de ma bibliothèque de thèse. Cela sera l’objet du prochain billet. 

Agence Rol, Halle aux vins [quai St Bernard, 5e arrondissement à Paris, lavage de bouteilles], 1928, Gallica/BnF… Le nettoyage des références une à une : ce qui m’attend !

Johanna Daniel

Doctorante au LARHRA (Lyon 2) et chargée d'études et de recherche à l'Institut national d'Histoire de l'Art (Paris), rattachée au Service numérique de la recherche. Historienne de l'estampe, consacrant sa thèse aux vues d'optique dans la seconde moitié du XVIIIe siècle.

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4 réponses

  1. Merci pour votre billet. Je soumets à mon tour quelques pistes complémentaires.

    * Pour enregistrer ponctuellement une page web et sa capture, la procédure suivante devrait fonctionner : bouton « Save to Zotero » dans le navigateur -> clic-droit « Enregister dans Zotero » -> « Save to Zotero (Web Page with Snapshot) ». Voir : https://www.zotero.org/support/fr/adding_items_to_zotero#enregistrer_des_pages_web
    * « Désactiver la mise à jour automatique des styles » : créer et installer une copie locale personnalisée du style, figé dans l’état dans lequel vous souhaitez l’utiliser, serait préférable. Voir : https://www.zotero.org/support/fr/dev/citation_styles/style_editing_step-by-step. Si vous décochez « Vérifier automatiquement les mises à jour des convertisseurs et des styles » vous désactiverez également la mise à jour des convertisseurs.
    * Nettoyage : le module complémentaire Zutilo permet d’automatiser facilement une partie des tâches que vous souhaitez effectuer. La documentation de Zutilo n’est pas en français mais l’interface l’est. Voir notamment : https://github.com/willsALMANJ/Zutilo/blob/master/docs/USAGE.md#item-field-modification-functions. L’usage de ce module pourrait être combiné avec des recherches enregistrées pour cibler des lots pour lesquels une même modification doit être faite. Pour le détail de la syntaxe de recherche applicable (par exemple rechercher un champ vide), voir : https://www.zotero.org/support/fr/searching#recherche_avancee
    * Relier les notices entre elles : Zutilo facilite aussi cette tâche, qu’il rend possible en un clic.

    Frédérique

    • Johanna Daniel dit :

      Merci pour toutes ces bonnes astuces ! Je vais les tester et je les indiquerai dans mon prochain billet sur Zotero !

  2. Pascal dit :

    Pour continuer dans la même lignée, un billet du mois dernier pour Optimiser l’organisation de sa bibliothèque https://zotero.hypotheses.org/3298

    Zotero memento : un plugin utile pour externaliser ses sauvegardes de contenus dans Internet Archives https://github.com/leonkt/zotero-memento/releases/tag/v1.0.1

    • Johanna Daniel dit :

      Merci beaucoup pour ces deux ressources. Le billet sur le Zotero francophone m’a beaucoup aidé et a été un des éléments déclencheur de ce grand ménage de mon propre Zotero !

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